在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

的研究导致

1、从光敏的培养神经细胞中转化成DNA交连营养素质

以便分离治理光热塑球蛋清-DNA塑料物在LC-MS数据研究分析，小说作者发展了了种性质发生变化纯化规划，可从DNA中去否则热塑球蛋清，仅在紫外线时可以依据直接性表观遗传组学习聚集DNA热塑球蛋清。用TRIZOL抽取固色质并弄掉入狱获的非热塑球蛋清，第二将其再水解以进行RNase肠蠕动不良。可以依据彩超截段个人所得球蛋清热塑DNA的抽取物，在硫氰酸胍中蒸煮性质发生变化，并在二脱色硅抽滤柱上激烈洗洁以去否则热塑球蛋清一直到提交。可以依据核酸酶治理从DNA中放光热塑球蛋清，相结行胰球蛋清酶肠蠕动不良在LC-MS数据研究分析。该工艺称为球蛋清热塑DNA抽取或XDNAX。

图1.蛋白酶质热塑DNA截取或XDNAX工艺流程图模板（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可同时交往DNA的蛋白酶质图谱

将光交连策略使用于MCF7内部，得知了1,805种侯选人淀粉酶，另外1,191种产生于3个或太多次再次中。60%的DNA双方功能组有核酸整合在一起的GO批注，在不足核酸整合在一起批注的淀粉酶质中，大的贡献者基核纤层淀粉酶，第二是参与者印染质安排和内部裂变的淀粉酶质（图2）。

图2 . 可马上打交道 DNA 的蛋白酶质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3工作小结了DNA彼此之间效应组所隐藏的球营养素-DNA表面和其其中包含的核苷酸热塑肽。这有基于（1）球状DNA根据节构域、（2）DNA 根据无序性区（IDR）和（3）基于与各种球营养素（举例说明组球蛋白酶质酶酶根据球蛋白酶质酶酶）、RNA（举例说明剪接细胞）或相隔离区室（举例说明核仁球蛋白酶质酶酶）彼此之间效应而造成的情况更加接近。

图3 . 可直观接触性 DNA的构造域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、一定量細胞扰动哺乳期间与DNA切合的转录细胞

雌雌性生长雌二醇感觉α（ESR1）驻流进胞质溶胶中，昨天面对其配体，驱散易位到肿瘤肿瘤肿瘤细胞结构，在在那里它与基因组组中的不同空间综合以激活开通不同的转录系统软件。将血清饥饿的MCF7肿瘤肿瘤肿瘤细胞表露于高极量雌雌性生长雌二醇（10 nM 17β-雌二醇）4两秒钟，与模拟系统除理的相较有点肿瘤肿瘤肿瘤细胞有点这些的DNA之间的功效组（图4A）。这里面，雌雌性生长雌二醇影响后DNA之间的功效组中的ESR1增添了30倍（图4B）。总的认为，在1,814个参考值的球蛋白酶质-DNA之间的功效中，约有9%界面显示出少于2倍的为显著变幻，并分析到与ESR1拥有之间的功效的球蛋白酶如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌性激素补救乳腺纤维癌神经细胞 DNA 双方效果组的参考值非常（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

总结

探索进来什么是基因遗传组的蛋清质以理解它是是怎样被读取数据并付诸实训的，始终是研发拜谱生物同一个长时间的追求幸福。什么是基因遗传组可及性通常以DNA为管理中心的坡度做好探索，当然，到现截止，染料质凝露中的的蛋清质与DNA 遭受高中物理相护用尚不明了。使用的零长度光化学交联，可发展DNA相护用组中的基本数蛋清质，XDNAX方法将做蛋清质-DNA相护用探索的雄厚辅助工具。

拜谱工作小结

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的蛋清质组学、突显组学、基础代谢组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

参考选取论文：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.