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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已显现出丰富的微生物亲水性，涉及抗肉瘤和身体毒使用。一般，三萜是顺利通过甲羟戊酸途经合并的，并从绿色苔藓植物和细菌中添加。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上投稿了一篇“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的学习小作文。该学习发觉三萜类化学物质野生灵芝粉酸（GA）是确认流体培植的无柄野生灵芝粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的生态学转为生成的。经由转录组和淀粉酶质组学技木提高认识一个脚印探索世界无柄野生虫草菌丝体中DHT生成三种野生虫草酸（GA）的缘由，并按照其几组学技木检验到的文化之间的关系DNA和文化之间的关系淀粉酶，推算DHT 生态学合成视频 GA 的条件。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录酚类化合物析和的功能进行分类

顺利通过对无柄虫草真菌感染菌丝体使用转录组测序共得到了67230个转录本和1429七个单遗传染色体组。在等等单遗传染色体组中，495个被鉴定结论为不同表达方法方式出来遗传染色体组（DEGs），在这当中213个表达方法方式出来上浮，279个表达方法方式出来调整（图1A）。GO含有进行分析一下后，DEGs划分动物的环节（BP）、肿瘤人体细胞材质（CC）和分子空间结构功能模块（MF）3类。在BP类中，冒出了前这八个子类：抗菌素分离排泄的环节，醋酸钠盐排泄的环节和甲酸盐排泄的环节 ;而在CC类中，肿瘤人体细胞外区、突触包覆体、突触空间结构是前这八个亚类。来说MF类，甲酸脱氢酶（NAD）生物、钝化恢复原酶生物和酸氨（或酰胺）连接方式酶生物是前这八个亚类（图1B）。在DEGs的KEGG数据信号径路进行分析一下中，前30条含有度最低的数据信号径路有27条是指排泄，在这当中二氧化氮排泄、乙醛酸盐和二羧酸盐排泄、丙酸盐排泄数据信号数据信号径路特殊含有（图1D）。

图1|转录混合物析和功能键划分

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

凭借对无柄灵芝粉细菌菌丝体实施核氨基酸组学具体去讲解，总计确保了16,457种现代感肽、2606种核氨基酸和2588种酶联免疫法核氨基酸。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的挑选情况下，徘徊2606种核氨基酸中，94种被评定为差距表答核蛋清酶（DEPs），这当中52种调涨，42种上涨（图2A），图2C展示了差距表答核蛋清酶的聚类算法具体去讲解热图。从GO具体去讲解看到，BP品目展示，大部分数DEPs陆续参与醋酸钠盐分泌时、消炎药化解分泌时和食用的药物化解分泌时。CC类DEPs在受损组织神经癌细胞外区、过被金属钝化物酶体和微体中平均水平最好，被钝化展现酶催化活性酶类和甲酸脱氢酶（NAD）催化活性酶类在MF类中DEPs的的比例最好（图2B）。与转录组结果提示类似于，KEGG卫星信号通道具体去讲解展示，众多DEPs在分泌中动物含有，这当中3条最动物含有的手段是光合动物中的碳加固、碳分泌和MAPK卫星信号卫星信号通道（图2D）。还有就是，凭借具体去讲解GO的数据的CC对DEPs实施亚受损组织神经癌细胞位子具体去讲解和注音（图2E），DEPs最主要的生长在受损组织神经癌细胞质（40.66%）、受损组织神经癌细胞结构（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），系统理论上是GAs动物合并的最主要的位子。

图2|蛋清质组的一定量具体分析和职能验正

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

维持生计物变为和对应组备选DEGs和DEPs制作而成了维恩图，有20个间的关系理解dna（图3A）。对转录组和球氨基酸组中E组和C组共计的DEGs/DEPs做好聚类研究介绍法研究介绍，感觉mRNA和球氨基酸间有11个调整dna和1个调低dna，DEGs与其说翻译专业的DEPs理解能力呈正有关系内容，源于Pearson的有关系内容因子研究介绍，在转录组和球氨基酸组间检则到相比较较高的有关系内容性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）论文检测最终导致信息显示，E组和C组11个大概DEGs的表示方法总体水平差别不错，这当中9个为上涨DEGs，俩为变动DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表示方法潮流与转录成分析最终导致保持一致。

图3|蛋白酶质组的按量定量分析和功能表证实

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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