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网络药理学揭示草酸钙肾结石氧化应激和炎症损伤机制

发布时间:2024-08-02
草酸钙(CaOx)肾结石是泌尿设计最先见的病毒产品之一。肾策划 中CaOx氯化钠晶体过达到饱和状态磨合会导至肾小管组织细胞受损和凋亡,故而导至肾结石的组成。短链脂肪细胞堆积酸由肠内内活性污泥法结核杆菌发酵法营养膳食化学纤维出现,不单在局布肠内防御整体中充分引领意义,另一方面在设计层次上也充分引领关键因素意义。进来,丁酸是最丰富的的短链脂肪细胞堆积酸,具免疫性阻止和免疫性阻止意义,本科研刍议丁酸对CaOx肾结石的意义以及因素靶点。

围绕草酸钙肾结石相关机制研究,华山的医院泌尿美容外科吴忠传授、周子健硕士于今年5月在Chem Biol Interact发表了相关成果,7月4日该团队又有一篇新作发表。吴忠院士、周子健硕士在Food and Chemical Toxicology(IF=4.3)上发表题为“Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9”的研究文章。研究人员发现丁酸在体外和体内均能抑制CaOx肾结石模型的氧化应激和炎症损伤,并利用网络药理学预测发现CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的靶基因,最后通过细胞实验证实CYP2C9在草酸诱导的HK-2细胞损伤模型中的作用。拜谱生物工程与吴忠教授、周子健博士团队再次合作,提供了网格药剂学学提供服务,助力预测CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的潜在靶点,为丁酸预防CaOx肾结石产生的临床应用奠定理论基础。

新闻稿件名称大全:Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9(Food Chem Toxicol.,IF=4.3,2023.07) 朋友院校:华山门诊 研发的对象:大鼠、HK-2受损细胞 组群相关信息:照表组(Con)、三维模型组(Model)和丁酸钠组(NaB) 拜谱带来技能:互联网药理学学测试

总体目标步奏图

研发的结果

研究分析方案相关人员最先创设大鼠模式,行通过生理性血生化指标英文和安排病检学染色的等研究分析方案的方式察觉到丁酸行减低CaOx模式大鼠肾CaOx结晶体的进行和挫裂伤,改变CaOx模式大鼠的细菌感染挫裂伤和防氧化的物质的过激表达方法。不仅如此,丁酸还可抑止草酸诱发的HK-2肿瘤组织细胞挫裂伤、防氧化的应激性和肿瘤组织细胞凋亡。 为探究式丁酸组成部分和靶遗传人类染色体遗传互联网,探索技术人员从PubChem提高丁酸和丁酸酯的二维和三维图组成部分(图1A)。凭借PharmMapper数据源统计定量进行进行分析库和Uniprot数据源统计定量进行进行分析库治疗后共选择出116个丁酸靶遗传人类染色体遗传供进三步定量进行进行分析。将遗传人类染色体遗传文件列表导到STRING数据源统计定量进行进行分析库,做好PPI互联网定量进行进行分析。Cytoscape分享了排名的前20的联络线靶遗传人类染色体遗传的具体互联网图,还包括CYP2C9、CASP3、MAPK14、ALB、HRAS、ABL、RARA、RARG、RXRB、PRKACA、NOS3、SRC、MMP9、KDR、HSP90AA1、HPGDS、GSTA3、GSTA1、GSR和GSTM2(图1B)。这么多联络线遗传人类染色体遗传与互联网中的其它的遗传人类染色体遗传均成绩出需的相应性,代表这么多遗传人类染色体遗传将充分表现着协同管理能力。GO和KEGG定量进行进行分析呈现了丁酸联络线遗传人类染色体遗传的相应途经和菌物学用途(图1C)。联络线遗传人类染色体遗传常见与类固醇抗生素类回话、钝化应激状态体现回话、抗逆性酶氧上皮细胞对类固醇抗生素类条件刺激的体现还有对咸性动物学的物质的体现密切相关。结合以上笔者认为,这么多联络线遗传人类染色体遗传常见参入了钝化应激状态体现和对抗逆性酶氧的菌物体现流程,是肾结石建立系统中至关最核心的途经,这反映出丁酸将在肾结石中充分表现最核心能力。

图1| 丁酸成分与靶人类基因电脑网络数据分析(图源:Zijian Zhou., et al., Food Chem Toxicol.

为下一步一个脚印摸索丁酸对CaOx肾结石确确实实切靶什么是dna,浅析的考生根据GEO的oracle对GSE73680中建康照表与CaOx肾结石人的什么是dna差别实施了浅析。照表组与CaOx结石人的关于系数力差别展示方式出什么是dna(DEGs)筛分条件为P < 0.05、|log2(FC)| > 1。共筛分到3783个什么是dna造成关于系数波动,但其中3379个(89.4%)什么是dna展示方式出调涨,404个(10.6%)什么是dna展示方式出变动(图2A)。对DEGs实施聚类分析算法浅析,热图现示了前10个被选中DEGs的二维细化聚类分析算法特征描述(图2B)。陆陆续续,浅析的考生采用GeneCards的oracle人工工资检测了370个也许 与CaOx肾结石关于的什么是dna,斩获前20位的預测什么是dna简述关于性评定如图是2C如图所示。想要查找丁酸诊治CaOx肾结石的根本靶点,浅析的考生将PharmMapper中的丁酸靶点、GEO中的DEGs和GeneCards中的CaOx肾结石关于什么是dna处里得出了了个Venn图。进而,CYP2C9被认定为丁酸影晌CaOx肾结石的暗藏靶点(图2D)。不仅,浅析的考生还实施了丁酸与CYP2C9的分子结构挂接,CYP2C9的六个酪氨酸残基ASN-474、LYS-48和GLY-46与丁酸相护用处,氢键能为4.2 kcal/mol(图2E)。 在灵活运用在线药理学学预估CYP2C9是丁酸不良影响CaOx肾结石的靶遗传基因后,探究职工还能够体组织实验所表明了CYP2C9可有效降低草酸促进的HK-2体组织的ROS情况、慢性炎症神经损伤和凋亡。

图2| 占多数据库综合阐述预计CYP2C9是丁酸帮助于CaOx肾结石的靶基因遗传

研究探讨报告

本的研究要得知丁酸在离体和自身均能可以能够限制CaOx肾结石型号的钝化应激状态反应和疾病拉伤,继而能够网上药剂学学挑选得以丁酸会影响CaOx肾结石的隐性靶点——CYP2C9,第四能够癌细胞系实验设计印证CYP2C9在草酸盐诱骗的HK-2癌细胞系ROS关卡、疾病拉伤和凋亡。这个得知反映丁酸会能够可以能够限制CYP2C9来可以能够限制CaOx肾结石的钝化应激状态反应,缓减疾病拉伤。这一种时候中拜谱怪物作为了网上药剂学学高服务性咨询公司质量,然而拜谱怪物可加强发育成熟建立健全的染色体组学、球营养物质组学、分解组学等两组学物料及高服务性咨询公司质量,喜爱致電咨询公司! 基准医学文献:Zhou Z, Zhou X, Zhang Y, Yang Y, Wang L, Wu Z. Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9. Food Chem Toxicol. 2023 Aug. doi: 10.1016/j.fct.2023.113925.
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